Ο πόλεμος γύρισε την Ιαπωνία στο μηδέν, και ο Godzilla την πήγε στο μείον. Έχουν περάσει δύο χρόνια από τότε, και η χώρα δίνει αγωνιώδη μάχη για να ανακάμψει και να επιστρέψει στην καθημερινή της ζωή. Πάνω που η ανθρωπότητα κατάφερε σε μια σκληρά κερδισμένη ειρήνη, μια νέα απειλή τη χτυπάει, συντρίβοντας ακαριαία κάθε ελπίδα. Δεν υπάρχει τρίτη φορά. Όλα τελειώνουν τώρα.