Krig reducerede Japan til nul, og Godzilla sendte det i minus. To år er gået siden da, og landet har stået over for en pinefuld kamp for at opnå genopretning og endelig generobre sin daglige tilværelse. Lige da menneskeheden formåede at klamre sig til en hårdt tilkæmpet fred, rammer en ny trussel, der knuser håbet på et øjeblik.