병으로 엄마를 잃은 초등학생 사츠키는 아빠, 남동생 케이이치로와 함께 엄마의 고향으로 이사해 부모가 다녔던 초등학교로 전학한다. 등교 첫날, 고양이 카야를 쫓아 출입이 금지된 구교사에 들어간 사츠키와 친구들은 그곳에 숨어 있던 요괴들의 습격을 받는다. 위기의 순간 엄마가 남긴 요괴일기를 발견한 사츠키는 일기에 적힌 방법으로 요괴를 물리치지만, 그 과정에서 악귀 아마노자쿠가 카야의 몸속에 봉인되고 만다. 주변 개발로 봉인이 풀린 요괴와 원령들이 마을 곳곳에 나타나기 시작하자, 사츠키는 하지메, 레오, 모모코와 함께 요괴일기 하나에 의지해 오싹한 퇴마에 나서는데...